Imotski je osnovan na Uskrs, 31. ožujka 1991. godine, na dan pogibije Josipa Jovića na Plitvicama. Ipak, klub je sljedbenik Mladosti iz Prološca osnovane 1974. godine, kasnije nazvane Imotska krajina. Imotski je s Imotskom krajinom u sezoni 2001./2002. zamijenio trećeligaški rang natjecanja drugoligaškim, jer Proložani nisu imali dovoljno novca za taj nivo natjecanja.

Najteže je bilo upravo 2002. godine, za opstanak u Drugoj ligi, kada je klub uspio, nakon sto je Marinko Boban preuzeo klub, u 15 kola sustići prednost Žminja od 14 bodova.